1.不能用這種方法除去物體表面的切削粉末，這點在清洗金屬表面油垢時表現尤為明顯。
2.實踐證明不能用它清楚很厚的油污，雖然用等離子體清洗少量附著在物體表面的油垢有很好的效果，但是對厚油垢的清除效果往往不佳，一方面用它清除油膜，必須延長處理時間，使清洗的成本大大提高，另一方面有可能是它在與厚油垢相互接觸的過程中，引發油垢分子結構中的不飽和鍵發生了聚合，偶聯等復雜反應而形成較堅硬的樹脂化立體網狀結構有關。一旦形成這類樹脂膜他將很難被清除。因此通常只用等離子體清洗厚度在幾個微米以下的油污。
3.在應用過程中還發現不能用等離子體清洗很好除去表面粘附的指紋，而指紋是玻璃光學元件上常出現的一種污染物。等離子體清洗也不完全不能用于出去指紋，但這需要延長處理時間，這時又不得不考慮到這是他會對基材的性能造成不良的影響。所以還需要采用其他清洗措施進行預處理相配合。結果使清洗工藝過程復雜化。
4.由于等離子體清洗過程需要進行真空處理，而且一般為在線或批量生產，因此在把等離子體清洗裝置引進生產線時，必須考慮到被清洗工件的貯存和移送的問題，特別是當被處理工件體積較大，數量較多更應考慮到這個問題。
